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EP 1 694 829 B1

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Peiris et al., Lancet, 2003, 361, 1319-).
[0014] Des séquences génomiques de ce nouveau coronavirus ont ainsi été obtenues, notamment celles de l’isolat
Urbani (Genbank n° d’accès AY274119.3 et A. MARRA et al., Science, May 1, 2003, 300, 1399-1404) et de l’isolat de
Toronto (Tor2, Genbank n° d’accès AY 278741 et A. ROTA et al., Science, 2003, 300, 1394-1399).
[0015] L’organisation du génome est comparable à celle des autres coronavirus connus permettant ainsi de confirmer
l’appartenance du SARS-CoV à la famille des Coronaviridae ; les cadres ouverts de lecture ORF1a et 1b et les cadres
ouverts de lecture correspondant aux protéines S, E, M, et N, ainsi qu’à des protéines codées par : la région située entre
l’ORF-S et l’ORF-E (ORF3), la région située entre l’ORF-S et l’ORF-E et chevauchant l’ORF-E (ORF4), la région située
entre l’ORF-M et l’ORF-N (ORF7 à ORF11) et la région correspondant à l’ORF-N (ORF13 et ORF14), ont notamment
été identifiées.
[0016] Sept différences ont été mises en évidence entre les séquences des isolats Tor2 et Urbani ; 3 correspondent
à des mutations silencieuses (c/t en position 16622 et a/g en position 19064 de l’ORF1b, t/c en position 24872 de l’ORFS) et 4 modifient la séquence en acides aminés de respectivement : les protéines codées par l’ORF1a (c/t en position
7919 correspondant à la mutation A/V), la protéine S (g/t en position 23220 correspondant à la mutation A/S), la protéine
codée par l’ORF3 (a/g en position 25298 correspondant à la mutation R/G) et de la protéine M (t/c en position 26857
correspondant à la mutation S/P).
[0017] En outre, l’analyse phylogénétique montre que le SARS-CoV est éloigné des autres coronavirus et qu’il est
apparu, ni par mutation de coronavirus respiratoires humains, ni par recombinaison entre des coronavirus connus (pour
une revue, voir Holmes, J.C.I., 2003, 111, 1605-1609).
[0018] La mise en évidence et la prise en compte de nouveaux variants sont importantes pour la mise au point de
réactifs de détection et de diagnostic du SRAS suffisamment sensibles et spécifiques ainsi qu’à des compositions
immunogènes aptes à protéger des populations contre des épidémies de SRAS.
[0019] Les Inventeurs ont maintenant mis en évidence une autre souche de coronavirus associé au SRAS, qui se
distingue des isolats Tor2 et Urbani.
[0020] La présente invention a donc pour objet, une souche isolée ou purifiée de coronavirus humain associé au
syndrome respiratoire aigu sévère, caractérisée en ce que son génome présente sous la forme d’ADN complémentaire
un codon sérine en position 23220-23222 du gène de la protéine S ou un codon glycine en position 25298-25300 du
gène de l’ORF3, et un codon alanine en position 7918-7920 de l’ORF1a ou un codon sérine en position 26857-26859
du gène de la protéine M, lesdites positions étant indiquées en référence à la séquence Genbank AY274119.3.
[0021] Selon un mode de réalisation avantageux de ladite souche, l’équivalent ADN de son génome présente une
séquence correspondant à la séquence SEQ ID NO : 1 ; cette souche de coronavirus est issue du prélèvement de
lavage bronchoalvéolaire d’un patient atteint de SRAS, répertorié sous le n° 031589 et effectué à l’hôpital français de
Hanoi (Vietnam).
[0022] Conformément à l’invention, ladite séquence SEQ ID NO :1 est celle de l’acide désoxyribonucléique correspondant à la molécule d’acide ribonucléique du génome de la souche isolée de coronavirus telle que définie ci-dessus.
[0023] La séquence SEQ ID NO : 1 se distingue de la séquence Genbank AY274119.3 (isolat Tor2) en ce qu’elle
possède les mutations suivantes :
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[0024] En outre, la séquence SEQ ID NO : 1 se distingue de la séquence Genbank AY278741 (isolat Urbani) en ce
qu’elle possède les mutations suivantes :
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g/t en position 23220 ; le codon alanine (gct) en position 577 de la séquence en acides aminés de la protéine S de
Tor2 est remplacé par un codon sérine (tct),
a/g en position 25298 ; le codon arginine (aga) en position 11 de la séquence en acide aminés de la protéine codée
par l’ORF3 de Tor 2 est remplacé par un codon glycine (gga).

t/c en position 7919 ; le codon valine (gtt) en position 2552 de la séquence en acides aminés de la protéine codée
par l’ORF1a est remplacé par un codon alanine (gct),
t/c en position 16622 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés des protéines codées par
l’ORF1b (mutation silencieuse),
g/a en position 19064 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés des protéines codées par
l’ORF1b (mutation silencieuse),
c/t en position 24872 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés de la protéine S, et
c/t en position 26857 : le codon proline (ccc) en position 154 de la séquence en acides aminés de la protéine M est
remplacé par un codon sérine (tcc).

[0025] En l’absence de mention particulière, les positions des séquences nucléotidiques et peptidiques sont indiquées
en référence à la séquence Genbank AY274119.3.

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